Мстислав Фармаковский родился в Вятке. Его отцом был просветитель и меценат Владимир Фармаковский, занимавший должность инспектора народных училищ в Симбирской губернии под руководством Ильи Ульянова – отца Владимира Ульянова-Ленина. Брат Мстислава, Борис, сдружился с Володей Ульяновым, чье письмо – знаменитое и так и не расшифрованное «письмо тотемами» - долгое время хранилось в семье Фармаковских.